Йохен Купфер начал заниматься пением в музыкальной школе своего родного города Гриммы (Саксония, Германия) в возрасте девяти лет, продолжил обучение у профессора Хельги Форнер в Лейпцигском университете. Йохен Купфер участвовал в мастер-классах Альдо Балдина, Тео Адама и Элио Батталья, брал уроки пения у Дитриха Фишера-Дискау, Элизабет Шварцкопф и Харольда Стамма.

География концертов Купфера обширна: вся Европа, Япония, Бразилия, Гонконг, США. Музыкант также принимал участие во многих международных фестивалях.

Он сотрудничал с рядом известных дирижёров наших дней, в их числе Джузеппе Синополи, Курт Мазур, Рикардо Шайи, Рафаэль Фрюбек де Бургос, Рене Якобс, Филипп Херревеге, Джефри Тейт, Энох цу Гуттенберг, Христоф Прик, Кент Нагано, Фабио Луизи, Юрий Темирканов, Пааво Ярви и Герберт Блумстедт.

Купфер получил повсеместное признание за запись всех песен Франца Шрекера, «Прекрасной мельничихи» Шуберта, «Двенадцати стихотворений Юстуса Кернера» ор.24 Шумана (Channel Classics), всех песен Рихарда Вагнера (Bayer Records), оперы Р. Штрауса «День мира» (Deutsche Grammophon), кантат Баха (BIS), реквиема Моцарта (Farao) и песен Кинзла (CHANDOS). Недавние его записи – «Зимний путь» Шуберта (MEISTERKLANG) и DVD оперы Вагнера «Нюрнбергские мейстерзингеры».

Йохен Купфер победитель ряда всемирно известных конкурсов.